Sous réserve des dispositions de l'article L. 5312-5, la circonscription du grand port maritime est délimitée par un arrêté du préfet de la région dans laquelle se trouve le siège du port, après avis du préfet maritime.
Lorsque la circonscription est susceptible de s'étendre sur plusieurs régions, le Premier ministre désigne le préfet chargé de sa délimitation dans les conditions prévues par l'article 66 du décret n° 2004-374 du 29 avril 2004 relatif aux pouvoirs des préfets, à l'organisation et à l'action des services de l'Etat dans les régions et départements.
Pour la première délimitation de la circonscription, le préfet de région compétent établit un dossier comprenant :
1° Une notice indiquant et justifiant les limites de circonscription proposées ;
2° S'il y a lieu, la date à laquelle le régime défini par le présent chapitre sera substitué au régime précédemment en vigueur ;
3° La liste des collectivités publiques et de leurs groupements compétents en matière d'aménagement, ainsi que des établissements publics territorialement intéressés ;
4° Dans le cas où la circonscription englobe d'autres ports, la liste des conseils portuaires qui doivent être consultés ;
5° Un plan indiquant le projet de périmètre de la circonscription tant du côté de la mer que du côté des terres.

La durée de la consultation des collectivités et organismes mentionnés aux 3° et 4° de l'article R. 5312-2 est de deux mois. En l'absence de réponse au terme de ce délai, l'avis est réputé émis.

La modification de la circonscription d'un grand port maritime intervient à la demande du directoire du port après avis conforme du conseil de surveillance.
La demande de modification est instruite selon les modalités suivantes :
1° Le directoire du grand port maritime constitue un dossier comprenant les pièces prévues à l'article R. 5312-2 ;
2° Il soumet ce dossier à l'approbation du préfet de région compétent qui l'invite à procéder, selon les modalités prévues à l'article R. 5312-3, aux consultations :
a) Du conseil de développement du grand port maritime ;
b) Des collectivités et organismes mentionnés aux 3° et 4° de l'article R. 5312-2 ;
3° Dans un délai de quinze jours suivant l'accomplissement des consultations prévues au 2°, le directoire adresse au préfet de région le dossier, assorti des avis émis ou, à défaut, des justificatifs des consultations, et le rapport d'instruction.

Lorsque la modification porte sur la circonscription du grand port fluvio-maritime, le préfet de région est celui de la région où le grand port fluvio-maritime a son siège et la consultation du conseil d'orientation est substituée à celle du conseil de développement. La procédure prévue par le présent article s'applique à la modification des limites des secteurs maritimes et fluviaux, au sens de l'article L. 5312-5, de la circonscription du grand port fluvio-maritime, en fonction de la limite de navigation maritime.