La SNCF est soumise en matière de gestion financière et comptable aux règles applicables aux entreprises industrielles et commerciales. Elle tient sa comptabilité conformément au plan comptable général.

La gestion des filiales créées ou acquises par la SNCF est autonome au plan financier dans le cadre des objectifs tant du groupe qu'elle constitue avec elles que du groupe public ferroviaire mentionné à l'article L. 2101-1.