Le premier président de la Cour des comptes désigne, parmi les membres du comité central d'enquête, un secrétaire général. Le secrétaire général est assisté d'un ou de deux secrétaires généraux adjoints également désignés par arrêté du premier président de la Cour des comptes. Il assure, sous l'autorité du premier président de la Cour des comptes, président du comité, le fonctionnement du comité et la direction du personnel du secrétariat.

Le Premier ministre désigne, parmi les membres du comité central d'enquête, un secrétaire général. Le secrétaire général est assisté d'un ou de deux secrétaires généraux adjoints également désignés par arrêté du Premier ministre. Il assure, sous l'autorité du premier président de la Cour des comptes, président du comité, le fonctionnement du comité et la direction du personnel du secrétariat.