Les opérations de recettes et de dépenses de l'assurance personnelle, qu'elles soient effectuées par le régime général ou par d'autres régimes, sont suivies dans une section comptable distincte du fonds national de l'assurance maladie géré par la caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés.

La caisse nationale d'assurance maladie des travailleurs salariés est chargée, en liaison avec la caisse centrale de secours mutuels agricoles, de la mise en place d'un système national de contrôle destiné à la détection des affiliations multiples à l'assurance personnelle des personnes bénéficiaires de l'aide médicale.