Le secrétariat général du Conseil supérieur assure le fonctionnement courant de toutes les formations du Conseil supérieur.
Il reçoit les propositions d'inscription à l'ordre du jour de l'assemblée plénière ou du conseil restreint, vérifie qu'elles relèvent de la compétence du Conseil supérieur et les soumet au président de séance concerné.
Le secrétariat général est chargé de l'organisation et du déroulement des séances de l'assemblée plénière et du conseil restreint, en rédige les procès-verbaux et en assure la diffusion auprès des membres concernés. Il tient à jour et met à la disposition de chacun des membres toute documentation et information sur les questions relevant de la compétence du Conseil supérieur.
Le ministre peut déléguer sa signature au secrétaire général pour les besoins du fonctionnement du Conseil supérieur de la réserve militaire.