Un rapporteur général, membre du corps militaire du contrôle général des armées, et des rapporteurs, choisis parmi les officiers et les fonctionnaires de catégorie A, en activité ou à la retraite, sont nommés pour trois ans par arrêté conjoint du ministre de la défense, du ministre de l'intérieur et du ministre chargé de la mer.

Les rapporteurs instruisent les dossiers sous la direction du rapporteur général. Le président de la commission peut demander au rapporteur général d'instruire certains dossiers.

Pour l'accomplissement de leur mission, le rapporteur général et le rapporteur sont habilités à recueillir les informations nécessaires auprès des personnes publiques ou privées et à se faire communiquer toute pièce utile à la rédaction de leur rapport.

La commission de déontologie des militaires remet un rapport annuel au ministre de la défense, au ministre de l'intérieur et au ministre chargé de la mer.

Le secrétariat de la commission de déontologie des militaires est placé auprès du rapporteur général.