Le contrôle de la Cour des comptes porte sur l'ensemble des activités exercées par l'institution ainsi que sur les résultats obtenus.
Les magistrats de la cour peuvent effectuer toutes missions, enquêtes générales ou particulières et vérifications tant au siège de l'institution que dans les établissements.

A cette occasion, les magistrats de la cour peuvent demander le concours des personnels relevant du ministère de la défense.

Pour une affaire déterminée, la cour peut entendre un fonctionnaire du service chargé d'exercer la tutelle au nom du ministre de la défense.