L'envoi d'un étudiant devant le conseil de discipline est décidé par le directeur général de l'Ecole navale, saisi par le directeur de la formation, le directeur de la recherche ou le directeur des services.

Le conseil de discipline comprend trois représentants du personnel enseignant et trois représentants des usagers.

Ses membres sont élus respectivement en leur sein par le personnel enseignant et les usagers de l'école relevant de ce conseil. Pour chaque membre titulaire, un suppléant est désigné dans les mêmes conditions.

Le président du conseil de discipline est un professeur de l'école. Il est élu en leur sein par les enseignants membres du conseil.

Le conseil de discipline se réunit sur convocation de son président. Il ne peut délibérer que lorsque quatre de ses membres au moins sont présents.

Le conseil de discipline se prononce à la majorité absolue de ses membres présents.