Le commandant d'un porte-aéronefs a, envers les formations et les détachements d'aéronefs embarqués, les attributions d'un commandant d'aéronautique navale locale.
En matière de discipline générale et de sécurité de la navigation, le commandant d'un navire affecté à une mission hydrographique ou océanographique a autorité sur tout le personnel se trouvant à son bord. En dehors de ces domaines, il apporte son concours au directeur de la mission ou exerce cette dernière fonction dans les conditions prévues par des textes particuliers.
Dans le cas de navires ou de groupes de petits navires ayant un taux d'activité à la mer particulièrement élevé, plusieurs équipages peuvent leur être affectés, certains étant dits en fonction, d'autres de relève. Le commandant de l'équipage en fonction exerce seul le commandement du navire.