Représentant permanent de l'autorité de la France, à la fois dans les eaux sous souveraineté ou sous juridiction nationale et en haute mer, ainsi que, s'il y a lieu et sous réserve des compétences reconnues aux Etats étrangers, dans les eaux sous souveraineté ou sous juridiction d'autres Etats, le commandant de navire de guerre a pour mission d'y faire respecter les intérêts nationaux et d'y protéger les ressortissants français.
En vertu des dispositions législatives l'habilitant à cet effet, le commandant de navire de guerre a le devoir de rechercher et de constater les infractions au droit international et au droit français commises en mer. Il exerce les mesures de contrôle et de coercition prévues par le droit international, la législation et la réglementation françaises, notamment celles prévues au livre V de la première partie du présent code.
Ces dispositions sont applicables aux commandants de bord des aéronefs de l'aéronautique navale.