Dans chaque zone de défense, un secrétariat général de défense, dirigé par un membre du corps préfectoral ou par un administrateur, est chargé de la centralisation des informations, de l'étude des plans et de la préparation des décisions incombant au haut fonctionnaire de zone.

Il est placé sous l'autorité du haut fonctionnaire de zone, qui reçoit, par l'intermédiaire du ministre chargé de l'outre-mer, les directives du Premier ministre.