Un arrêté du ministre chargé des établissements classés fixe la composition du dossier à fournir à l'appui de la demande.
L'exploitant peut indiquer celles des informations fournies dans le dossier de demande d'agrément dont il estime qu'elles devraient rester confidentielles, quelle que soit l'issue de la demande, parce que leur communication ou leur divulgation porterait atteinte aux intérêts et éléments énumérés par le I de l'article L. 124-4. Il fournit une justification vérifiable de ces indications.
L'autorité compétente pour délivrer l'agrément, après consultation de l'exploitant, décide quelles informations seront tenues confidentielles et en informe l'exploitant.
Ne peuvent être considérées comme confidentielles les informations suivantes :
1° Le nom et l'adresse de l'exploitant ;
2° Le lieu de l'utilisation et le but de celle-ci ;
3° Les caractéristiques générales des organismes génétiquement modifiés ;
4° La classe de confinement de l'utilisation et les mesures de confinement ;
5° L'évaluation des effets prévisibles, notamment, des effets nocifs pour la santé et l'environnement.

La demande d'agrément pour la mise en oeuvre d'organismes génétiquement modifiés dans une installation classée est transmise au Haut Conseil des biotechnologies, notamment pour déterminer le classement des organismes mis en oeuvre. Cet avis peut ne pas être demandé dans le cas des opérations relevant du ministre de la défense.L'autorité compétente dispose d'un délai de huit jours à compter de la date de l'accusé de réception du dossier complet pour transmettre la demande d'avis au Haut Conseil des biotechnologies.

Le haut conseil dispose d'un délai de quarante-cinq jours pour formuler son avis. S'il ne s'est pas prononcé dans ce délai, son avis est réputé favorable.

Lorsqu'elle est saisie d'une demande d'agrément, l'autorité compétente pour délivrer l'autorisation ou donner récépissé évalue les risques présentés par l'installation et, s'il apparaît qu'une défaillance des mesures de confinement pourrait entraîner un danger grave, qu'il soit immédiat ou différé, pour les personnes ou pour l'environnement, subordonne la mise en oeuvre des organismes génétiquement modifiés à l'établissement d'un plan d'urgence par l'exploitant.
Le plan d'urgence définit les mesures d'organisation, les méthodes d'intervention et les moyens, notamment en matière d'alerte et d'information, mis en oeuvre pour assurer la protection du personnel, de la population et de l'environnement. Il est modifié chaque fois que les conditions de mise en oeuvre des organismes génétiquement modifiés rendent sa mise à jour nécessaire.
Le plan d'opération interne en cas de sinistre qui peut être établi par application de l'article R. 512-29 pour les installations soumises à autorisation constitue le plan d'urgence lorsqu'il contient les éléments énumérés à l'alinéa précédent.
Une copie du plan d'urgence est :
1° Disponible en permanence dans l'installation ;
2° Déposée à la mairie de la commune dans laquelle l'utilisation doit être mise en oeuvre, et, à Paris, au commissariat de police dans le ressort duquel se trouve le lieu de cette mise en oeuvre ;
3° Transmise à chacun des organismes et autorités susceptibles d'être appelés à prendre des mesures en cas d'accident.
Il en va de même des modifications apportées à ce plan.
La mention du dépôt d'un plan d'urgence et des modifications qui lui sont ultérieurement apportées est affichée à la mairie de la commune dans laquelle l'utilisation doit être mise en oeuvre, et, à Paris, au commissariat de police dans le ressort duquel se trouve le lieu de cette mise en oeuvre, pendant une durée minimum d'un mois. Elle indique aux tiers la possibilité de consulter le plan d'urgence sur place. Lorsqu'un arrêté d'autorisation ou un récépissé de déclaration ont été déposés simultanément, cette mention figure sur l'extrait de l'arrêté d'autorisation ou sur le récépissé de déclaration affiché en application de l'article R. 512-39 ou de l'article R. 512-49.