A l'exception du député et du sénateur ainsi que des membres de droit, les membres du comité sont nommés par arrêté conjoint du ministre chargé de l'environnement et du ministre chargé de l'urbanisme, pour une durée de trois ans. Les suppléants des membres mentionnés au i du 1°, aux b et d du 3°, au b du 4° et aux b, i et j du 5° de l'article D. 371-3 sont nommés dans les mêmes conditions.

Les personnes nommées au titre des b des 3°, 4° et 5° de l'article D. 371-3 ne peuvent exercer plus de deux mandats consécutifs en qualité de membres titulaires.