Un commissaire du Gouvernement, nommé par arrêté du ministre chargé de la protection de la nature, est placé auprès de l'établissement. Il est suppléé en cas d'absence ou d'empêchement par un commissaire adjoint désigné selon les mêmes modalités.

Le commissaire du Gouvernement reçoit les convocations adressées aux membres du conseil d'administration et du bureau et siège avec voix consultative à toutes les réunions de ces instances ainsi qu'à celles des commissions qu'ils ont constituées. Il peut demander l'inscription de questions à l'ordre du jour du conseil d'administration.

Il reçoit, dans les conditions qu'il fixe, copie des délibérations du conseil d'administration et, s'il le demande, des décisions prises sur délégation de ce conseil.

Les délibérations du conseil d'administration, à l'exception des délibérations budgétaires, sont exécutoires de plein droit si le commissaire du Gouvernement n'y fait pas opposition dans le délai de quinze jours qui suit soit la date de réunion du conseil d'administration s'il y a assisté ou s'il y était représenté, soit la date de réception du procès-verbal de la séance. Les délibérations budgétaires sont régies par l'article R. 331-38, elles sont exécutoires de plein droit si le ministre de tutelle et le ministre chargé du budget n'y font pas opposition dans le délai d'un mois qui suit la date de réception de la délibération.

Lorsqu'il demande par écrit des informations ou documents complémentaires, le délai est suspendu jusqu'à la production de ces informations ou documents.

Le commissaire du Gouvernement peut demander dans les délais susmentionnés une seconde délibération. En ce cas, la délibération, pour être confirmée, doit être adoptée à la majorité des membres composant le conseil d'administration.

Si le désaccord persiste après la nouvelle délibération mentionnée à l'article R. 331-44, le commissaire du Gouvernement transmet le dossier dans les quarante-huit heures au ministre chargé de la protection de la nature, qui statue dans un délai d'un mois, le cas échéant après avis du ministre du budget.

Si le ministre du budget n'a pas fait connaître son avis huit jours avant l'expiration du délai imparti au ministre pour se prononcer, cet avis est réputé favorable à la levée de l'opposition.

Le silence gardé par le ministre chargé de la protection de la nature à l'expiration du délai qui lui est laissé pour se prononcer vaut levée de l'opposition.