Le comité se réunit sur convocation de son président et au moins une fois par an.

Il est obligatoirement convoqué dans le mois suivant la demande du ministre chargé de l'environnement. Le président arrête l'ordre du jour des travaux et fixe la date des séances.

Le secrétariat du comité est assuré par le préfet de la région où le comité a son siège ou par une personne désignée par lui.

Des rapporteurs désignés par le président sont chargés de l'étude et de la présentation des affaires inscrites à l'ordre du jour. Ils sont choisis à l'intérieur ou à l'extérieur du comité.

Le président du conseil d'administration, le commissaire du Gouvernement et le directeur de l'agence de l'eau assistent de droit aux séances du comité avec voix consultative.

Toute personne qualifiée peut être appelée par le président à participer aux travaux du comité avec voix consultative.