Le comité national de l'eau, le comité national de la biodiversité et le conseil national de la mer et des littoraux sont consultés sur les orientations stratégiques de l'agence. En l'absence d'avis dans un délai de six semaines à compter de leur saisine, leur avis est réputé rendu.

Le contrat d'objectifs, les programmes généraux d'activité et d'investissement et les rapports qui rendent compte de leur exécution leur sont adressés.