Chaque étudiant inscrit au diplôme d'études spécialisées conclut un contrat de formation au cours de la phase 1 dite phase socle. Ce contrat définit les objectifs pédagogiques et le parcours de formation suivi au sein de l'option précoce. Il peut faire l'objet d'évolutions, notamment pour y inclure une formation spécialisée transversale que l'étudiant est autorisé à suivre. Il est signé entre l'étudiant de troisième cycle des études pharmaceutiques, le directeur de son unité de formation et de recherche d'inscription et le coordonnateur régional de la spécialité après avis du coordonnateur local.

Un arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé et du ministre de la défense fixe les modalités d'élaboration et de suivi du contrat de formation.