Le directeur de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger transmet les délibérations du conseil d'administration dans les dix jours qui suivent leur adoption au ministre des affaires étrangères. Lorsque la délibération présente un caractère pédagogique, elle est également transmise dans les mêmes conditions au ministre chargé de l'éducation.
Sauf opposition ou demande de surseoir à exécution adressée au directeur de l'agence par le ministre des affaires étrangères, les délibérations du conseil d'administration sont exécutoires quinze jours après leur transmission. En cas d'urgence déclarée par le conseil d'administration, le ministre peut autoriser l'exécution immédiate.
Toutefois, les délibérations ayant une incidence financière ou budgétaire, notamment celles portant sur le budget et les décisions modificatives de celui-ci, le compte financier, les acquisitions, échanges et aliénations d'immeubles sont transmises au ministre des affaires étrangères et au ministre chargé du budget. Elles sont exécutoires par approbation tacite un mois après leur réception ou, en cas d'urgence, par approbation expresse, conformément au décret n° 99-575 du 8 juillet 1999 relatif aux modalités d'approbation de certaines dispositions financières des établissements publics de l'État.
Les délibérations relatives aux emprunts ne sont exécutoires qu'après avoir été approuvées par arrêté du ministre des affaires étrangères et du ministre chargé du budget.