Conformément au décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat, le Centre national d'enseignement à distance est soumis au contrôle financier prévu par le décret n° 2005-54 du 27 janvier 2005 relatif au contrôle financier au sein des administrations de l'Etat. Les attributions du membre du corps du contrôle général économique et financier et les modalités d'exercice de son contrôle sont précisées, en tant que de besoin, par arrêté des ministres chargés de l'éducation, de l'enseignement supérieur et du budget.