La commission nationale élit son président parmi ses membres. Cette nomination doit être approuvée par le Premier ministre. Cinq vice-présidents peuvent, en outre, être élus par la commission. Le président nomme le secrétaire général, après consultation des départements ministériels intéressés. Le secrétaire général dirige le secrétariat prévu à l'article D. 239-10 et participe, à ce titre, aux travaux et aux réunions de la commission.