Le président du conseil départemental établit le protocole, en associant ses services concernés, avec les services de l'Etat, de la caisse d'allocations familiales et des communes, conformément à l'article L. 112-5. Il associe également tout responsable institutionnel ou associatif amené à mettre en place les actions définies à l'article D. 112-3, notamment l'agence régionale de la santé, la caisse primaire d'assurance maladie et la mutualité sociale agricole.

Le protocole est signé par le président du conseil départemental, le préfet, le directeur territorial de la protection judiciaire de la jeunesse, l'inspecteur d'académie, directeur académique des services de l'éducation nationale, le directeur de la caisse d'allocations familiales, et dans la mesure du possible, par le directeur de l'Agence régionale de la santé, le directeur de la caisse primaire d'assurance maladie, le directeur de la mutualité sociale agricole, ainsi que par les autres responsables institutionnels et associatifs associés à la démarche.

Un groupe permanent interministériel pour l'enfance maltraitée réunit les représentants des directions d'administration centrale concernées. Sa composition est fixée par un arrêté du Premier ministre.