Un médecin chargé d'une mission de contrôle doit faire connaître à la personne soumise à son contrôle qu'il l'examine en tant que médecin contrôleur.
Il doit être très circonspect dans ses propos et s'interdire toute révélation ou toute interprétation.
Il doit être parfaitement objectif dans ses conclusions.

Le médecin chargé du contrôle est tenu au secret vis-à-vis de l'Administration ou de l'organisme qui l'emploie, auquel il ne peut ni ne doit fournir que ses conclusions sur le plan administratif sans indiquer les raisons d'ordre médical qui les motivent.
Les renseignements médicaux contenus dans les dossiers établis par ce médecin ne peuvent être communiqués ni aux personnes étrangères au service médical ni à une autre administration.

Le médecin chargé du contrôle ne doit pas s'immiscer dans le traitement. Si, à l'occasion d'un examen, il se trouve en désaccord avec le médecin traitant sur le diagnostic ou le pronostic et s'il lui apparaît qu'un élément important et utile à la conduite du traitement semble avoir échappé à son confrère, il doit lui signaler personnellement. En cas de difficultés à ce sujet, il peut en faire part au président du conseil départemental de l'ordre.

Nul ne peut être à la fois, sauf en cas d'urgence, médecin contrôleur et médecin traitant d'un même malade.
Cette interdiction s'étend aux membres de la famille du malade vivant avec lui et, si le médecin est accrédité auprès d'une collectivité, aux membres de celle-ci.