La commission adopte un règlement intérieur, par lequel elle précise les modalités de son organisation et de son fonctionnement. Il détermine également les règles de déontologie applicables à ses membres.

Les membres du conseil exercent leurs fonctions avec impartialité, intégrité et probité.

Chaque membre veille à prévenir ou faire cesser immédiatement les situations de conflit d'intérêts, au sens du premier alinéa de l'article 2 de la loi n° 2013-907 du 11 octobre 2013 relative à la transparence de la vie publique, dans lesquelles il se trouve ou pourrait se trouver.

Les modalités de fonctionnement doivent garantir qu'aucun membre de la Commission nationale consultative pour la faune sauvage captive, titulaire ou suppléant, susceptible, par son activité, d'avoir un lien d'intérêt direct avec le demandeur de certificat de capacité ou le prestataire soumis à une épreuve d'aptitude ne participe à l'adoption de l'avis rendu par la commission sur cette demande ou sur le résultat de cette épreuve.