Le service du casier judiciaire national, service à compétence nationale, dirigé par un magistrat de l'administration centrale du ministère de la justice sous le contrôle et l'autorité du directeur des affaires criminelles et des grâces, comprend :
― le bureau des traitements opérationnels ;
― le bureau des affaires juridiques ;
― le bureau des applications informatiques ;
― le bureau des affaires administratives et de la valorisation des ressources ;
― le fichier judiciaire national automatisé des auteurs d'infractions sexuelles ou violentes (FIJAIS).
Il comprend également les unités directement rattachées au chef de service :
― la cellule chargée de la communication ;
― le secrétariat ;
― la mission hygiène, sécurité et environnement ;
― le poste de sécurité.