Le secrétariat général comprend, outre la cellule d'appui du haut fonctionnaire de défense et de sécurité et un cabinet :

a) Le service synthèse, stratégie et performance ;

b) Le service support et moyens du ministère ;

c) Le service de l'administration centrale ;

d) Le service des affaires européennes et internationales ;

e) Le service de l'accès au droit et à la justice et de l'aide aux victimes ;

f) La délégation aux interceptions judiciaires ;

g) Les plates-formes interrégionales du ministère de la justice.