Le secrétariat général comprend, outre la cellule d'appui du haut fonctionnaire de défense et de sécurité et un cabinet :
a) Le service synthèse, stratégie et performance ;
b) Le service support et moyens du ministère ;
c) Le service de l'administration centrale ;
d) Le service des affaires européennes et internationales ;
e) Le service de l'accès au droit et à la justice et de l'aide aux victimes ;
f) La délégation aux interceptions judiciaires.