La commission comprend, outre son président :
- le président du comité permanent de coordination des inspections ;
- les directeurs généraux, directeurs et chefs de service directement rattachés au ministre ;
- le président du groupement des directeurs régionaux de l'agriculture et de la forêt ;
- le président du groupement des directeurs départementaux de l'agriculture et de la forêt ;
- le président du groupement des directeurs départementaux des services vétérinaires ;
- un représentant des établissements publics locaux d'enseignement et un représentant des établissements d'enseignement supérieur désignés par le directeur général de l'enseignement et de la recherche ;
- le contrôleur financier ;
- le haut fonctionnaire de défense.
Lorsque l'ordre du jour le justifie, elle associe à ces travaux les directeurs des établissements publics ou organismes relevant de la tutelle du ministère ainsi que les autres ministères concernés.