Les conseils supérieurs du service de santé des armées, du service de l'énergie opérationnelle et du service du commissariat des armées se réunissent sur convocation du chef d'état-major des armées, qui les préside et en fixe l'ordre du jour.

Les travaux préparatoires aux réunions des conseils sont conduits, au sein de chaque service, en fonction de l'ordre du jour, sous la responsabilité des vice-présidents.
Lorsque les réunions des conseils supérieurs du service de santé des armées, du service de l'énergie opérationnelle et du service du commissariat des armées concernent l'avancement, le chef du bureau des officiers généraux y est convié. Par ailleurs, afin d'éclairer le conseil sur l'avancement des officiers qui ne sont pas affectés au sein de leur service d'appartenance, les responsables des organismes d'administration centrale et le chef du cabinet militaire du ministre de la défense peuvent être entendus au cours de ces travaux, pour évoquer le cas des officiers dont ils ont l'emploi.

Le secrétaire de chaque conseil supérieur est un officier général ou supérieur désigné par le vice-président. Responsable de la préparation des réunions du conseil et de la confidentialité des travaux du conseil, il assiste aux réunions et assure la rédaction des procès-verbaux. Le secrétariat des conseils supérieurs est assuré en liaison avec le bureau des officiers généraux.