Le dépouillement du scrutin est opéré par le bureau de vote central et, le cas échéant, par les bureaux de vote spéciaux. Nonobstant les dispositions des articles 7 et 8 du présent arrêté, le dépouillement peut être assuré par un système automatique. Les modalités propres à ce dépouillement sont fixées par décision du président de l'INSERM.

Il n'est procédé au dépouillement du scrutin que pour les commissions administratives paritaires pour lesquelles au moins la moitié des électeurs inscrits ont voté.

Un second scrutin est organisé pour les commissions administratives paritaires pour lesquelles ce quorum n'est pas atteint ou dans l'hypothèse où aucune organisation syndicale représentative n'a déposé de liste de candidats pour un ou plusieurs corps donnés. Pour ce second scrutin, toute organisation syndicale de fonctionnaires peut déposer une liste de candidats.

Chaque président de bureau de vote spécial institué rédige un procès-verbal des opérations de dépouillement intéressant son bureau en signalant les éventuels incidents ayant pu se produire lors du dépouillement, le fait contresigner par les mandataires désignés par chaque organisation syndicale et le transmet au bureau de vote central. Sont annexés à ce procès-verbal les bulletins de vote valides et ceux déclarés nuls lors du dépouillement, accompagnés les uns et les autres de leurs enveloppes.