Les élèves commissaires peuvent mettre fin à leur scolarité pendant un délai de trois mois à compter du jour de leur admission à l'école.

Lors de leur admission en école, les élèves commissaires présentent une demande en vue d'être admis à l'état d'officier de carrière. Ils s'engagent à servir en cette qualité pendant une période de six ans.

L'école des officiers du commissariat de la marine est placée sous le commandement d'un officier supérieur du corps des commissaires de la marine, responsable notamment de la formation dispensée et de la discipline.
Le conseil de la formation de l'école des officiers du commissariat de la marine, dont la composition est fixée par instruction, se réunit au moins une fois par an. Il est consulté sur le contenu et le déroulement des formations et il propose les évolutions de la scolarité qui lui paraissent nécessaires.
Les objectifs, l'organisation, le contenu et le déroulement de la scolarité des élèves commissaires sont fixés par instruction du directeur central du service du commissariat des armées, prise après avis du directeur du personnel militaire de la marine. Pour chaque promotion, une circulaire annuelle du directeur central du service du commissariat des armées portant « programme général d'enseignement » décrit les disciplines et activités programmées, les conditions d'organisation des examens ainsi que les coefficients afférents à chaque cycle d'enseignement.

La scolarité des élèves commissaires, d'une durée de deux ans, est organisée en deux cycles de formation de deux semestres chacun, qui comportent :
1° Une formation de l'officier, qui donne aux élèves commissaires la connaissance globale de leur milieu professionnel et la maîtrise des disciplines indispensables à l'état d'officier, en particulier en matière de commandement et d'exercice de l'autorité. Elle comprend la formation militaire et sportive et la maîtrise du milieu maritime ;
2° Une formation d'administrateur garantissant l'expertise nécessaire à la maîtrise du soutien et du fonctionnement administratif, financier, juridique et logistique des formations administratives du ministère de la défense. La connaissance des organisations internationales et de leur fonctionnement, particulièrement de l'Union européenne et de l'Organisation du traité de l'Atlantique Nord, y fait en outre l'objet d'un enseignement visant à familiariser les élèves commissaires avec ces structures ;
3° Une formation au métier de marin, notamment à travers la formation au quart en passerelle de navigation et d'aviation, et à la sécurité à bord d'un bâtiment.
Les élèves commissaires bénéficient, au cours de la scolarité, d'une formation commune aux commissaires des trois armées.

Certains cours peuvent être organisés en partenariat avec d'autres établissements de l'enseignement supérieur civil ou militaire. Les modules de formation suivis en milieu universitaire ou militaire peuvent conduire à l'attribution d'un diplôme universitaire.