L'Ecole des commissaires de l'air est placée sous le commandement d'un officier supérieur du corps des commissaires de l'air, responsable notamment de la formation dispensée et de la discipline.
Le conseil de la formation de l'Ecole des commissaires de l'air, dont la composition est fixée par instruction, se réunit au moins une fois par an. Il est consulté sur le contenu et le déroulement des formations et il propose les évolutions de la scolarité qui lui paraissent nécessaires.
Les objectifs, l'organisation, le contenu et le déroulement de la scolarité des élèves commissaires sont fixés par instruction du directeur central du service du commissariat des armées, prise après avis du directeur des ressources humaines de l'armée de l'air. Pour chaque promotion, une circulaire annuelle du directeur central du service du commissariat des armées, portant « programme général d'enseignement », décrit les disciplines et activités programmées, les conditions d'organisation des examens ainsi que les coefficients afférents à chaque cycle d'enseignement.