Les étudiants du cycle préparatoire Lycée Michel Montaigne-Bordeaux Sciences Agro sont inscrits au lycée Michel Montaigne à Bordeaux. Ils sont soumis à son règlement intérieur et relèvent du régime disciplinaire de l'établissement d'accueil. Les droits ou frais d'inscription pour le cycle préparatoire prévu à l'article 2 sont ceux en vigueur au lycée Michel de Montaigne.

Ces étudiants sont également inscrits à l'université de Bordeaux pour permettre une éventuelle réorientation en licence de l'université de Bordeaux. Ces modalités sont précisées dans une convention entre le lycée Michel Montaigne et l'université de Bordeaux.

Ces étudiants ne peuvent pas s'inscrire aux voies des concours « CPGE BCPST » ou « CPGE TB » prévues par les arrêtés du 9 novembre 2023 susvisés.