Le contrôleur est destinataire pour avis d'un projet de budget initial et de documents prévisionnels de gestion. Ces documents lui sont transmis au plus tard six semaines avant le début de l'exercice concerné. Il vérifie le caractère sincère des prévisions de dépenses et de recettes et veille au respect des plafonds limitatifs de crédits ouverts au budget de l'établissement et au suivi des équivalents temps plein travaillés.

Les documents prévisionnels de gestion comportent un état prévisionnel du budget de fonctionnement, un état prévisionnel de la programmation, un état retraçant les grandes composantes de la masse salariale, sa déclinaison en équivalents temps plein travaillés et les perspectives la concernant, un échéancier prévisionnel des entrées et sorties du personnel directement rémunéré par l'établissement et une présentation détaillée des opérations pluriannuelles permettant de le renseigner sur la capacité d'engagement de l'agence.

Les comptes rendus d'exécution budgétaires sont présentés dans le même format que le budget voté.