S'il identifie des dysfonctionnements ou des risques budgétaires et financiers dans la gestion de l'établissement, le contrôleur financier en informe par écrit l'ordonnateur principal. L'ordonnateur principal répond par écrit au contrôleur financier dans un délai de quinze jours ouvrables et lui fait connaître les mesures qu'il envisage de prendre pour y remédier.
Le contrôleur financier en rend compte, le cas échéant, au ministre chargé du budget et en informe les ministres de tutelle.