Le transport s'effectue par le transport public de voyageurs le moins onéreux et, lorsque l'intérêt du service l'exige, le plus adapté à la nature du déplacement.
Lorsque la voie ferroviaire est utilisée pour le déplacement, le transport s'effectue en seconde classe.
Par exception, le recours à la première classe peut être autorisé par l'autorité qui ordonne le déplacement :

- en l'absence de place en seconde classe ;
- lorsque la première classe est au même tarif ou moins onéreuse ;
- de manière exceptionnelle et dans l'intérêt du service.

Le recours au transport par voie aérienne peut être autorisé par l'autorité qui ordonne le déplacement. Il est réservé :

- aux déplacements dont la destination n'est pas desservie par le train ;
- aux trajets pour lesquels l'arrivée à destination exige plus de quatre heures de voyage en train ;
- lorsque le surcoût éventuel généré par l'utilisation de l'avion est neutralisé à l'échelle du coût complet de la mission.

Le transport s'effectue en classe économique par une compagnie aérienne régulière ou celle proposant le tarif le plus avantageux.
Pour le transport par voie aérienne, la prise en charge du voyage sur la base du tarif de la classe immédiatement supérieure à la classe économique peut être autorisée par l'autorité qui ordonne le déplacement lorsque la durée du voyage est supérieure à sept heures et que la durée de la mission n'excède pas quinze jours. Lorsque la durée du voyage est supérieure à douze heures, la condition de durée de mission n'est plus exigée.
Le recours à d'autres moyens de transports (bateaux, autocars) est autorisé par l'autorité qui ordonne le déplacement lorsque la destination n'est pas desservie par le train ou dans l'intérêt du service.
Toute escale de plus de cinq heures dans un pays ouvre droit à une indemnité de repas ou de nuitée en fonction des plages horaires définies à l'article 5.

Les frais de transport en commun engagés par l'agent au départ et au retour de la mission, entre sa résidence administrative ou familiale et le lieu de départ du transport public de voyageurs utilisé ainsi que ceux exposés sur le lieu de la mission sont remboursés sur production auprès de l'ordonnateur d'un justificatif de paiement.
Lorsqu'un agent est astreint par ses fonctions à de fréquents déplacements, l'administration peut prendre en charge une part ou la totalité du coût d'un abonnement dès lors que le coût de la carte peut être amorti au bout d'un nombre limité de trajet, sur une période inférieure à un an.
Toute autre formule proposée par les compagnies de transport peut être adoptée par l'administration sous réserve qu'il en résulte une économie.
En cas d'absence permanente ou occasionnelle de transport en commun ou lorsque l'agent doit transporter du matériel précieux, fragile, lourd ou encombrant, l'agent est remboursé de ses frais de taxi sur autorisation de l'autorité qui ordonne le déplacement et sur production d'un justificatif de paiement ou, s'il utilise son véhicule personnel, être indemnisé dans les conditions prévues à l'article 4. Dans ce dernier cas, les frais de parc de stationnement, dans la limite de quarante-huit heures, ainsi que de péage d'autoroute sont également remboursables.
En l'absence de tout autre moyen de transport adapté, les frais de location d'un véhicule donnent lieu à remboursement, sur autorisation préalable de l'autorité qui ordonne le déplacement et sur présentation des pièces justificatives :

- en cas de déplacement itinérant dans une zone géographique restreinte ;
- en cas d'obligation attestée de transporter du matériel précieux, fragile, lourd ou encombrant.

Les excédents de bagages afférents au transport de matériel technique ou de documents administratifs pour des raisons de service sont pris en charge par l'administration sur accord préalable de l'autorité qui ordonne le déplacement et sur production auprès de l'ordonnateur d'un justificatif de paiement.

Le recours à un véhicule à moteur est autorisé dans tous les cas où ce mode de transport est adapté, notamment :

- en cas d'absence, permanente ou occasionnelle, de moyens de transport en commun ;
- lorsqu'il entraîne une économie ou un gain de temps pour le déplacement ;
- en cas d'obligation attestée de transporter du matériel précieux, fragile, lourd ou encombrant.

Lorsqu'il existe, le recours au parc de véhicules à moteur de l'administration est privilégié.
Les agents peuvent, à titre exceptionnel, utiliser leur véhicule à moteur, sur autorisation du chef de service, quand l'intérêt du service le justifie.
Les autorisations sont notamment délivrées lorsque l'utilisation du véhicule personnel est rendue nécessaire en cas de déplacements fréquents ou en cas d'impossibilité d'utiliser un véhicule administratif.
L'utilisation par l'agent de son véhicule personnel donne lieu à une indemnisation sur la base des indemnités kilométriques prévues à l'article 1er de l'arrêté du 3 juillet 2006 modifié, fixant les taux des indemnités kilométriques prévues à l'article 10 du décret du 3 juillet 2006 modifié susvisé.

Les indemnités en métropole sont décomptées sur la base des horaires de début et de fin de mission. En cas d'utilisation des transports en commun, ces horaires sont ceux figurant sur les titres de transport.
Toutefois, pour tenir compte du délai nécessaire à l'agent pour se rendre au lieu où il emprunte le moyen de transport en commun et pour en revenir, un délai forfaitaire d'une heure est pris en compte dans la durée de la mission avant l'heure de départ et après l'heure de retour. Ce délai est porté à une heure trente en cas d'utilisation d'un moyen de transport aérien ou maritime.
Pour le calcul des indemnités en outre-mer et à l'étranger, la mission commence à l'heure d'arrivée dans la localité, le port ou l'aéroport de destination et se termine à l'heure de départ de ce même lieu pour le retour.