Lorsque le ministre chargé des transports décide d'engager une procédure de retrait du certificat de sécurité dans les cas prévus à l'article 16, deuxième alinéa, du décret du 7 mars 2003 susvisé, il en informe l'entreprise ferroviaire concernée et lui transmet un rapport faisant état des manquements qui lui sont reprochés.
L'entreprise ferroviaire concernée dispose d'un délai de deux mois, à compter de la date de réception de ce rapport, pour présenter ses observations et proposer les mesures nécessaires pour remédier aux manquements signalés.
A défaut de réponse dans ce délai, ou si les mesures proposées n'apparaissent pas de nature à remédier aux manquements signalés, le ministre chargé des transports prononce le retrait partiel ou total du certificat de sécurité.