Le propriétaire, exploitant ou détenteur des végétaux, ou, le cas échéant, sur mandat de celui-ci, l'organisme gestionnaire du mécanisme de solidarité transmet au préfet de département du siège de l'exploitation la demande d'indemnisation par l'Etat dans un délai de trois mois à compter du règlement de l'indemnisation par l'organisme gestionnaire du mécanisme de solidarité ou par l'assureur.

La demande d'indemnisation par l'Etat doit être accompagnée des pièces suivantes :
1° La déclaration de présence d'un organisme nuisible mentionnée à l'article L. 251-6 du code rural ;
2° L'arrêté ordonnant la mesure de destruction ;
3° Les documents établissant la valeur nette comptable des végétaux, produits végétaux et autres objets détruits ;
4° Le procès-verbal de l'opération de destruction mentionné à l'article L. 251-9 du code rural ;
5° Selon les cas :
― la preuve du versement de la prime d'assurance prévue à l'article L. 251-9 du code rural ; ou
― la preuve du versement de la cotisation à un organisme gestionnaire d'un mécanisme de solidarité pendant les douze mois précédant la notification de la mesure de destruction ; ou
― la preuve de l'engagement à cotiser pendant les vingt-quatre mois suivant l'indemnisation, pour les exploitants ayant débuté l'exploitation de la production contaminée depuis moins de douze mois et qui ont cotisé à un mécanisme de solidarité, ainsi que pour les exploitants ayant cotisé à un mécanisme de solidarité agréé depuis moins de douze mois ;
6° Tout document établissant le montant de l'indemnisation versée par l'organisme gestionnaire du mécanisme de solidarité ou par l'assureur. Ces documents font notamment apparaître le montant du préjudice financier tel que défini à l'article D. 251-14-1 du code rural.

Si la demande d'indemnisation est incomplète, le préfet en informe le demandeur dans un délai d'un mois à compter de la date de réception du dossier. Dans ce cas, le délai d'instruction de la demande est suspendu.
L'indemnisation par l'Etat est versée, dans un délai raisonnable, au demandeur ou à l'organisme gestionnaire du mécanisme de solidarité du demandeur, dans le cas où celui-ci en fait la demande auprès de son organisme gestionnaire et après acceptation par ce dernier.