Le contrôleur financier est consulté par le ministre de l'agriculture et de la pêche sur les projets de décrets, arrêtés ou décisions interministérielles susceptibles d'entraîner des répercussions directes ou indirectes sur les finances de l'établissement, ainsi que sur les propositions budgétaires le concernant.
Ses avis sont transmis par le ministre de l'agriculture et de la pêche au ministre chargé du budget en même temps que les projets de textes ou propositions budgétaires auxquels ils se rapportent.