L'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie exécute les décisions du comité de gestion.

A cette fin, elle tient une comptabilité spécifique de toutes les opérations de recettes et de dépenses se rapportant à la taxe parafiscale. Le contrôleur d'Etat peut, à tout moment, se faire présenter ladite comptabilité et demander toute pièce justificative de l'emploi des fonds.