La mission des systèmes d'information de la pêche et de l'aquaculture est chargée d'assurer la maîtrise d'ouvrage stratégique et opérationnelle du système d'information de la pêche et de l'aquaculture (SIPA). Elle gère et fait évoluer le système d'information de la pêche et de l'aquaculture en veillant à sa cohérence. Elle assure les relations avec les maîtrises d'œuvre concernées par les projets ou applications du système d'information de la pêche et de l'aquaculture, ainsi que les relations fonctionnelles avec les autres services intéressés.