Le comité stratégique de la conformité ministérielle est présidé par le secrétaire général et réunit les directeurs généraux des ministères, ainsi qu'un directeur régional de l'environnement, de l'aménagement et du logement, désigné par décision du secrétaire général.
Le contrôleur budgétaire et comptable ministériel, le vice-président du Conseil général de l'environnement et du développement durable et le responsable de la mission ministérielle d'audit interne assistent aux réunions. Le comité peut associer à ses réunions toute personne dont elle estime la contribution utile à ses travaux.