L'école des applications militaires de l'énergie atomique est un organisme à vocation interarmées relevant du chef d'état-major de la marine. Elle est commandée par un officier supérieur de marine.

L'école des applications militaires de l'énergie atomique forme le personnel militaire et civil des états-majors, directions et services du ministère des armées et de la gendarmerie nationale en matière de propulsion, d'armement et de sécurité nucléaires et d'exploitation nucléaire. Elle participe à la formation des personnels des entreprises intervenant sur des programmes nucléaires militaires.
Les états-majors, directions et services du ministère des armées et la gendarmerie nationale définissent, chacun en ce qui les concerne, les objectifs de formation de leur personnel en matière de sciences, techniques et exploitation nucléaires.

L'école des applications militaires de l'énergie atomique contribue à des activités de recherche, de développement et d'expertise, concourant à sa mission d'enseignement en sciences et techniques nucléaires.

Pour l'accomplissement de ses missions, l'école des applications militaires de l'énergie atomique peut solliciter le concours du commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives et de l'institut des sciences et techniques nucléaires pour la formation des personnels de défense dans le domaine nucléaire.

Le fonctionnement de l'école des applications militaires de l'énergie atomique est précisé par une instruction du chef d'état-major de la marine.