En application de l'article L. 221-2 du code rural, les indemnités de l'Etat prévues pour compenser les pertes consécutives à l'élimination des animaux, déterminées selon les dispositions fixées à l'article 8 du présent arrêté, doivent être versées au propriétaire des animaux.

Lorsqu'un litige survient en ce qui concerne la propriété des animaux subventionnés, les indemnités correspondantes doivent être consignées auprès de la Caisse des dépôts et consignations jusqu'au règlement amiable ou judiciaire du litige précité.

En ce qui concerne les cheptels constitués à la fois d'animaux loués et d'animaux entretenus en pleine propriété par l'éleveur, les indemnités sont versées aux différents ayants droit pour les seuls animaux leur appartenant sur présentation à l'organisme maître d'oeuvre du programme national de pièces justificatives authentifiant leur propriété.