Les représentants du personnel au conseil intérieur sont élus annuellement, lors du renouvellement des représentants élus au conseil d'administration, séparément et selon les mêmes modalités d'élection (scrutin de liste à la majorité proportionnelle à la plus forte moyenne). Les candidatures peuvent être communes à l'élection au conseil d'administration et au conseil intérieur.

Le conseil intérieur se réunit au moins deux fois par an et avant chaque conseil d'administration, sur l'initiative de son président qui fixe l'ordre du jour sur proposition de ses membres et sur sa propre proposition. Il peut se réunir en séance extraordinaire sur un ordre du jour déterminé à la demande du président ou d'au moins un tiers de ses membres. Dans le cadre des missions qui lui sont fixées par l'article 11 du décret, il émet des avis et fait des propositions au conseil d'administration. Il est également un lieu de concertation pour toutes questions de vie intérieure, d'organisation des services et l'élaboration des orientations formalisées dans le contrat d'objectifs et les différentes conventions mentionnées à l'article 3 du décret du 16 avril 1999 susvisé.