Toute modification des caractéristiques de l'installation fait l'objet d'une déclaration au préfet ( directeur régional de l'environnement, de l'aménagement et du logement).
La modification substantielle d'une des caractéristiques de l'installation objet du certificat ou de son fonctionnement entraîne le retrait du certificat.
Sont notamment considérées comme modifications substantielles :
1° Dans la mesure où ils entraîneraient le non-respect de l'une des dispositions de l'article 2 du présent arrêté, les changements portant sur le débouché de chaleur (en particulier le retrait de l'engagement de l'utilisateur de la chaleur), l'économie d'énergie primaire, le rapport énergie thermique sur énergie électrique ;
2° Une baisse de puissance installée supérieure à 10 % et supérieure à 1 MW, si elle ne se traduit pas par une amélioration de l'économie d'énergie primaire ;
3° Une hausse de puissance installée supérieure à 1 MW et supérieure à 10 % de la puissance initiale.
Les autres modifications font l'objet d'une modification du certificat délivré.