L'Etat indemnise les propriétaires d'ovins ou caprins marqués conformément aux dispositions fixées à l'article 8 de l'arrêté du 28 mars 1997 susvisé sous réserve du respect par l'éleveur des mesures déterminées par l'arrêté préfectoral de mise sous surveillance et de l'engagement de l'éleveur de procéder à l'abattage sélectif de l'ensemble des animaux marqués dans le cheptel dans un délai de six mois. Le montant de l'indemnisation est fixé forfaitairement à 300 F par animal. Elle peut être portée à 500 F pour les animaux d'élevages de sélection.
Toutefois, en cas de recours à une mesure d'abattage total d'un cheptel conformément aux règles de décision définies par instruction du ministère de l'agriculture et de la pêche, le montant de l'indemnisation de l'Etat peut être porté à 100 % de la perte subie, résultant de la différence entre la valeur estimée sur pied des animaux et leur valeur en boucherie, sur la base d'une évaluation réalisée dans les conditions suivantes :
- le propriétaire des animaux de l'exploitation placée sous arrêté de mise sous surveillance au titre de l'article 8 de l'arrêté du 28 mars 1997 susvisé, ou celui qui en a la garde, choisit sur la liste des experts départementaux au minimum deux experts en vue d'estimer la valeur des animaux abattus sous le contrôle de l'administration ;

• l'estimation tient compte de la valeur de remplacement des animaux le jour de leur abattage. Pour l'estimation de la valeur des animaux, il est fait abstraction de l'existence de la tremblante ; il doit cependant être tenu compte de l'état d'entretien des animaux ;
• le directeur des services vétérinaires ou son représentant assiste à l'expertise.