Le comité stratégique du système national des données de santé peut réunir, en tant que de besoin, des groupes de travail pour examiner des points nécessitant une expertise particulière.
Des personnalités qualifiées peuvent participer aux groupes de travail pour en appuyer les travaux et apporter l'expertise nécessaire.
Lorsqu'un groupe de travail se saisit de sujets relevant de leurs attributions, il peut associer des membres :

- du Comité consultatif national d'éthique ;
- de la Commission nationale de l'informatique et des libertés.

Le comité stratégique peut, sur leur demande, auditionner les responsables de bases de données ayant vocation à rejoindre la base principale ou le catalogue.