Pour la réalisation de ses missions, la sous-direction a autorité sur le service ministériel des systèmes d'information de fonctionnement-ressources humaines qui est directement rattaché au sous-directeur.
En matière de paie, elle exerce une autorité fonctionnelle sur les centres ministériels de gestion et le centre expert pour les ressources humaines du personnel civil ainsi que sur la sous-direction de la gestion des personnels relevant de l'administration centrale du service des ressources humaines civiles.