Le contrôleur contribue notamment, en vue de leur prévention, à l'identification des risques financiers, directs ou indirects, auquel cet établissement est susceptible d'être confronté. A cette fin, il s'appuie sur une analyse des facteurs explicatifs de la dépense et du coût des politiques publiques.
Dans ce cadre, le contrôleur peut évaluer, en liaison avec l'institution, les circuits et procédures mis en place. Il coordonne son intervention avec celle de l'agent comptable au titre du contrôle allégé partenarial.