Toutes les eaux de nettoyage nécessaires à l'entretien du bâtiment et des annexes sont collectées par un réseau d'égout étanche et dirigées vers les installations de stockage ou de traitement des effluents de la porcherie.
Les aires extérieures de séjour des animaux sont soit en béton, soit en tout autre matériau étanche. Elles comportent des dispositifs pour collecter les eaux pluviales et de nettoyage qui ne doivent pas s'écouler sur les terrains avoisinants. Les eaux ainsi recueillies sont dirigées vers les installations de stockage ou de traitement des eaux résiduaires de la porcherie.