Un conseil d'orientation stratégique (COS), présidé par le directeur général de l'administration et de la modernisation ou son représentant, est placé auprès du directeur de l'Académie.
Le COS fixe la stratégie pluriannuelle de développement des formations, les programmes pédagogiques annuels et la programmation annuelle des moyens budgétaires, humains et immobiliers.
Le COS reçoit communication du rapport annuel d'activité, présenté par le directeur de l'Académie, et donne son évaluation des activités de l'Académie.
Le COS, dont la composition et le fonctionnement sont précisés par le directeur général de l'administration et de la modernisation, se réunit au moins une fois par an, sur convocation de son président qui en fixe l'ordre du jour.
Le directeur des ressources humaines et le délégué à l'encadrement supérieur participent aux réunions du COS.
Le secrétariat du COS est assuré par l'Académie.